【Blender】Molecular Nodesで分子データを扱う方法(前編)

本記事では分子データをBlender上で扱い、可視化することを可能とするアドオンである「Molecular Nodes」の使い方を紹介します。

Molecular Nodesは分子データのインポート、アニメーション化、および操作をGeometry Nodes上で行うことができます。

Molecular NodesアドオンはBlender3.2 以上でのみ動作しますので、本記事ではBlender3.3LTSを使用します。

本アドオンでは一部機能を使用するためPython関連の操作がありますが、決して難しいものではないのでぜひチャレンジしてみてください。

 

導入方法

アドオン本体のインストール

下記のURLからGithubにアクセスし、最新リリースのzipファイルをダウンロードします。

Molecular Nodes

最新リリースを選択

最新リリースを選択


アドオン本体のZIPファイルをダウンロード

アドオン本体のZIPファイルをダウンロード

ダウンロードしたzipファイルを解凍せずに任意の場所に保存して下さい。

Blenderを起動し、Edit→PreferenceからAdd- onsを選択します。

Edit→PreferenceからAdd- onsを選択

Edit→PreferenceからAdd- onsを選択

右上のInstallをクリックし、先ほど保存したzipファイルを選択しインストールします。

Installをクリック

Installをクリック


Molecular NodesのZIPファイルを選択

Molecular NodesのZIPファイルを選択

アドオンが表示されたら名前の横のボックスにチェックを入れて有効にします。

チェックボックスの横の三角マークをクリックして詳細を表示させます。

赤く表示されているInstall Atomiumをクリックしてください。

Install Atomiumをクリック

Install Atomiumをクリック

しばらく待つと色がグレーに変化したらAtomiumのインストール完了です。

色がグレーに変化したらインストール完了

色がグレーに変化したらインストール完了

MDAnalysisのインストール

複雑な分子データや、特殊な拡張子のデータを読み込むためにMDAnalysisをインストールし、Molecular Nodesアドオンと紐付けます。

アドオンの一部機能のみを使用する場合はMDAnalysisのインストールは必要ないので、余裕のある方のみ試してみることを推奨します。

Blender3.1以上はPython3.10以上にバンドルされているのでPython3.10以上をインストールします。

タスクバーの検索欄に「Microsoft Store」と入力し、起動します。

Microsoft Store

Microsoft Store

Microsoft StoreでPythonと検索し、Python3.10をインストールします。

Python3.10をインストール

Python3.10をインストール

Pythonのダウンロードが完了したら、コマンドプロンプトを開きます。

タスクバーの検索欄に「コマンドプロンプト」と入力し、起動します。

コマンドプロンプトを起動

コマンドプロンプトを起動

コマンドプロンプトを起動したら

python3 -m pip install MDAnalysis

をコピーして貼り付けます。

python3 -m pip install MDAnalysis

python3 -m pip install MDAnalysis

するとMDAnalysisがインストールされます。

インストール

インストール

インストールが完了したら、

python3

と入力してPythonを起動します。

python3

python3

次に

import MDAnalysis as mda
mda.__path__

と入力すると、MDAnalysisのパスが表示されます。

import MDAnalysis as mda mda.__path__

import MDAnalysis as mda mda.__path__

パスのC~からsite packagesまでをコピーし、Blenderに戻ります。

私の場合は「C:\\Users\\nkeig\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python310\\lib\\site-packages」といった様になります。

Blenderに戻ったらMolecular NodesアドオンのPackage Directoryにパスを貼り付け、Check Installationをクリックします。

Check Installationをクリック

Check Installationをクリック

しばらくして色がグレーになったら成功です。

色がグレーになる

色がグレーになる

これでMolecular Nodesの全てのインストールは完了です。

Molecular Nodes Addonの具体的な使用方法は以下の記事で詳しく解説しています。

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