【Blender】Molecular Nodesで分子データを扱う方法（中編）

本記事は以下の記事の続きとなっています。

Molecular Nodes Addonの導入方法は以下の記事で詳しく解説しています。

 

Molecular Nodesの使用方法

Molecular Nodesの使用方法は基本的に以下の3種類あります。

1. PDB ID（各タンパク質データに割り当てられた番号）を入力してモデルをインポートする方法。
2. 事前にダウンロードしたPDBファイルをインポートする方法。
3. 事前にダウンロードしたTopologyファイルとTrajectoryファイルをインポートする方法。

本記事では、1と2について説明しています。

PDB IDでモデルをインポートする方法

この方法ではPDB IDをもとにモデルを可視化することができます。

まずRender PropertiesからRender EngineをCyclesに変更し、DeviceをGPU Computeに変更してください。

Scene Properties→Molecular Nodesを開くと「PBD」という項目があります。

そこに4文字のPDB IDを入力します。

デフォルトで「1bna」というIDが入力されているので、試しにそのままDownloadをクリックしてみましょう。

DownloadをクリックしてシーンのViewport Shadingを、Render Previewモードにすると分子モデルが表示されます。

今回は例として6VSB（Sタンパク質の一部）と入力します。

PDB IDを入力しDownloadをクリックすると、モデルが現れます。

これでPDB IDによるインポートは完了です。

PDB IDはプロテインデータバンクに記載されているので参照してみてください。

日本蛋白質構造データバンク
RCSB PDB

PDBファイルをインポートする方法

pdb, mmtf, cif, gz形式のファイルをBlenderにインポートできます。

先ほどPDB IDでインポートした6VSBを、今度はファイル形式でインポートしてみましょう。

6VSB

上記のURLにアクセスし、右上のDownload Filesを選択してPDB Format(gz)をクリックしてください。

クリックするとファイルのダウンロードが開始されるので、ダウンロード完了したら任意の場所に保存してください。

Blenderを起動し、Scene Properties→Molecular NodesのLocal Fileを選択します。

ファイルをインポートする際は右上の歯車マークをクリックし、「Relative Path」のチェックマークを外してください。

名前は自由で構いませんが、今回は6VSBとします。

File Pathのファイルマークをクリックし、先ほど保存した.gzファイルを選択します。

選択後、Openをクリックするとファイルをインポートできます。

これでPDBファイルによるインポートは完了です。

Molecular Nodes Addonの見た目の変更、エクスポート方法は次の記事で詳しく解説しています。

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